Aрхивот е стручна единица на МАНУ основана заедно со Академијата. Во него се собираат, чуваат, обработуваат, заштитуваат и обезбедуваат за користење архивски материјали создадени при работата на Академијата, од нејзините членови како и од институции и поединци значајни за науката, уметноста, културата и историјата на Македонија.
Основната намена и функција на Архивот на МАНУ е да служи за истражувања од областа на науката, уметноста, културата и историјата, првенствено за членовите на Академијата и нивните соработници но и за останатите домашни и странски научни истражувачи при соодветни институции од областа на науката, културата и уметноста.
Работата на Архивот ја раководи Архивски одбор составен од академици кои ги претставуваат одделенијата на Академијата. Надлежноста на Архивот на Академијата се протега низ целата територија на Република Македонија и е единствениот архив во земјата кој е самостоен и е надвор од обединетата мрежа на архиви на Република Македонија.
Архивот ги стекнува материјалите по пат на отстапување, наследство, подарок, откуп, депонирање и друга правна основа.
Поради неговата намена и функција, Архивот на МАНУ во најголем дел содржи лични фондови на академици и други личности од вонредно значење за историјата, науката, културата и историјата на Македонија, како и на друштва и институции од разни периоди, потоа Матична архива на МАНУ, како и разни збирки, проекти и сл.
Архивските материјали се во најголем број од XIX и XX век, но има и постари, а најстарата архивска единица е фрагмент на пергамент од кириличен ракопис од XIII–XIV век, додека најстар целосно сочуван е кириличен ракопис од почетокот на XV век. Содржински се поврзани со проучувањето на историјата, книжевноста, етнологијата, фолклорот, јазикот, ликовната уметност, архитектурата, музичкото творештво, правото, економијата, медицината, хералдиката, биологијата итн. Архивот располага со богат библиотечен фонд (лични библиотечни фондови), стари и ретки книги, стари ракописи, нови ракописи, микрофилмови, звучни записи и видео-снимки, повелби и плакети, музикалии, архивалии, фотографии како и со богата збирка на уметнички слики и предмети.
Приложените онлајн архивски материјали се мал дел од она што Архивот на МАНУ го поседува. Истите може да се користат со цитирање на изворот: Архив МАНУ, име на фондот и сигнатура.