Роден е 1923 година во Костур, Егејска Македонија.
Дипломирал на Медицинскиот факултет во Белград во 1950 година. Специјалистичкиот испит по максилофацијална хирургија го положил 1962 година, по орална хирургија 1970 година, а докторирал на ВМА во 1965 година. За вонреден професор на ВМА е избран во 1972, а за редовен професор во 1977 година. Санитетски полковник е од 1967, а генерал мајор од 1984 година. Основач е на Клиниката за максилофацијална и орална хирургија на ВМА. На должност начелник на Клиниката бил 20 години. Сега е специјален советник при Европскиот центар за мир и развој на Обединетите нации во Белград и раководи со медицинскиот програм.
Како врвен хируршки стручњак, наставник и педагог Антоние Шкоклев учествуваше во едукацијата по максилофацијална и орална хирургија на повеќе од 800 лекари од Југославија и странство и придонесе за развојот на овие млади дисциплини, посебно во Македонија. Како ментор раководеше со реализацијата на околу 60 докторски дисертации и магистерски трудови. Како угледен стручњак, со широк дијапазон на истражувања, познат и признат во светот, од страна на Светската здравствена организација (МНО) е избран за консултант по хирургија.
Антоние Шкоклев интензивно се занимава со научноиспитувачка работа, посебно во областа на масовната трауматологија при војни и природни катастрофи, онкологијата на главата и тилот, пластична и реконструктивна хирургија, електро-анестезија, бол, традиционална кинеска медицина (акупунктура и Qi-gong), имплантологија, историја на медицината и др. Научен придонес претставуваат применетите методи (модифицирани или оригинални хируршки техники), посебно во реконструктивна и пластична хирургија на мандибулата, максилата, виличниот зглоб, орбитата, фацијалис, кранио-фацијалната ортопедија, плунковни жлезди и др. Тој е пионер во воведувањето, развојот и организирањето на традиционалната кинеска медицина кај нас, нејзина интеграција во примарната здравствена заштита, во ветеринарството и стоматологијата и во создавањето на Меѓународна школа за традиционална медицина во Белград.
Антоние Шкоклев придонел за развојот на современите методи на дијагностиката и акупунктурната рефлексотерапија: електро, ласер, магнето и флуидо-пунктурата. Во последно време се занимава со испитувања од подрачјето на биотехнологијата и биомолекуларната електроника со цел за создавање био-сензори, односно биочипови во дијагностички, терапеутски и технолошки цели, како и на развојот на здравствениот туризам. Има воведено девет технички иновации.
Антоние Шкоклев учествувал на голем број научни собири во земјата и во странство. Има објавено 195 научни и стручни трудови, од кои 8 книги.
За член на Македонската академија на науките и уметностите надвор од работниот состав е избран на 26 јуни 1986 година.