Целокупната базична дејност на Академијата се одвива во нејзините шест одделе­нија:

Одделенијата ги разгледуваат состојбите во областа на соодветни­те науки, односно уметности, даваат мислења и предлози за нивно уна­предување и за примена на совре­мените научни знаења и на резул­татите од научните истражувања. Одделенијата расправаат за пред­лозите за објавување научни тру­дови и уметнички творби на своите членови, како и за трудовите од об­ласта на соодветните науки и умет­ности што ѝ се поднесени на Ака­демијата за објавување; решаваат за публикување на трудови во спи­санието на соодветното одделение и утврдуваат предлози за објаву­вање трудови во други публикации на Академијата. Одделенијата ини­цираат и даваат мислења за науч­ноистражувачките и уметничките проекти што се изведуваат во Ака­демијата; предлагаат организирање на научни и свечени собири и умет­нички приредби; ги утврдуваат про­грамите за својата работа; предлага­ат кандидати за редовни членови на Академијата, за членови надвор од работниот состав и почесни члено­ви и даваат мислења за предлозите за избор на редовни членови што се поднесени од високообразовни или научни установи, од научни или уметнички организации. Научната активност на члено­вите на Академијата се остварува преку одделенијата и истражувачките центри.