Целокупната базична дејност на Академијата се одвива во нејзините шест одделенија:
- Одделение за лингвистика и литературна наука
- Одделение за општествени науки
- Одделение за медицински науки
- Одделение за природно-математички и биотехнички науки
- Одделение за технички науки,
- Одделение за уметности
Одделенијата ги разгледуваат состојбите во областа на соодветните науки, односно уметности, даваат мислења и предлози за нивно унапредување и за примена на современите научни знаења и на резултатите од научните истражувања. Одделенијата расправаат за предлозите за објавување научни трудови и уметнички творби на своите членови, како и за трудовите од областа на соодветните науки и уметности што ѝ се поднесени на Академијата за објавување; решаваат за публикување на трудови во списанието на соодветното одделение и утврдуваат предлози за објавување трудови во други публикации на Академијата. Одделенијата иницираат и даваат мислења за научноистражувачките и уметничките проекти што се изведуваат во Академијата; предлагаат организирање на научни и свечени собири и уметнички приредби; ги утврдуваат програмите за својата работа; предлагаат кандидати за редовни членови на Академијата, за членови надвор од работниот состав и почесни членови и даваат мислења за предлозите за избор на редовни членови што се поднесени од високообразовни или научни установи, од научни или уметнички организации. Научната активност на членовите на Академијата се остварува преку одделенијата и истражувачките центри.
