Највисок орган на Македонската академија на науките и уметностите е Собранието што го сочинуваат сите членови. Собранието ги донесува најважните акти и решенија за организацијата и работата на Академијата (статутот, финансискиот план, основањето одделенија и научни и уметнички единици и др.), избира претседател, потпретседател и секретар на Академијата и одреден број членови на Претседателството.
Собранието избира членови на Академијата (редовни, дописни, надворешни, почесни) секоја трета година, со мнозинство гласови од сите редовни членови и со тајно гласање.
Членовите на Академијата се самостојни во нивната научноистражувачка дејност, а нивниот избор е доживотен.
Организационата струкура на Академијата вклучува: Претседателство, Извршен одбор, шест одделенија, осум истражувачки центри, две стручни единици (Архив и Библиотека) и Секретаријат.
