МАКЕДОНСКАТА АКАДЕМИЈА НА НАУКИТЕ И УМЕТНОСТИТЕ
има за чест да Ве покани на

ПРЕДАВАЊЕ
на Златко Василковски на тема

Алгоритми за кинетиката на виткањето на протеините во моделот “diffusion–collision” на Karplus и Weaver (Diffusion–Collision Model Algorithms for Protein Folding Kinetics)

Амфитеатар на МАНУ, 12 Мај 2014 година (понеделник), 11 часот

Биографска податоци

Златко Василкоски дипломирал физика на Универзитетот Св Кирил и Методиј во Скопје изработувајќи дипломска работа под менторство на професорот Виктор Урумов, а магистрирал и докторирал на Универзитетот Tufts во Бостон под менторство на професорот David Weaver. Во текот на студите на Tufts, тој исто така работел со Alex Vilenkin на модели на космички стрингови. Потоа завршил две постдокторски студии, на MIT и на Northeastern. Во 2010 година за неговата работа на автоматска сегментација на невроните, во конкуренција од повеќе од 170 меѓународни тимови, ја освои првата награда на Diadem Challenge Competition, прв натпревар од таков вид организиран во свет. Во 2011тој работеше на Harvard Medical School, а во моментов работи во Migma Systems. Во изминатите 15 години тој предавал физика и математика како привремен професор на Tufts, MIT, Suffolk, BU и Bentley.

Краток опис на предавањето

Во текот на изминатите неколку децении, голем број теориски и експериментални истражувања се фокусираа на проблемот на опишување на механизмот на виткање на протеините (protein folding). Овој тежок проблем сеуште е предизвик воглавном поради тоа што процесот на виткање на протеините се случува на временски скали од 10-15 секунди до приближно 1 секунда. Еден од првите модели кој дава задоволителни предвидувања во врска со динамичките аспекти на виткањето на протеините е “diffusion–collision” моделот на Karplus и Weaver (Karplus, M. Weaver, D. L. Nature 1976, 260, 404–406.). Ова е multiscale модел на комплексни хемиски системи за кои Мартин Карплус (Martin Karplus) (Harvard University), Мајкл Левит (Michael Levitt) (Stanford University) и Ариел Воршел (Ariel Warshel) (University of Southern California) ја споделија Нобеловата награда за хемија во 2013.
За време на моите докторски студии на Tufts јас се запознав со diffusion–collision моделот за виткање на протеините преку мојот ментор David Weaver. Како дел од мојата докторска теза јас развив два алгоритми кои ги надминаа комбинаторските комплексности во пресметките поврзани со diffusion–collision моделот за виткање на протеините, кои ќе ги презентирам овде, како и некои други понови теориски обиди за справување со предизвикувачкиот проблем на виткање на протеините.