Научноистражувачката и уметничката дејност на МАНУ се реализира во рамките на одделенијата и истражувачките центри:
- Истражувачки центар за енергетика и одржлив развој
- Истражувачки центар за генетско инженерство и биотехнологија
- Истражувачки центар за ареална лингвистика
- Истражувачки центар за компјутерски науки и информатички технологии
- Лексикографски центар
- Истражувачки центар за културно наследство
- Истражувачки центар за животна средина и материјали
- Центар за стратегиски истражувања
